Skupština je najviši organ upravljanja Saveza, a čine je predstavnici svih članica Saveza, po pravilu Općinski načelnik, odnosno gradonačelnik i njihov mandat traje četiri godine. Iznimno, Skupštinu mogu činiti i drugi predstavnici po ovlaštenju načelnika, odnosno gradonačelnika. Skupština ima predsjedavajućeg i zamjenika predsjedavajućeg koji su u pravilu iz različitih konstitutivnih naroda. Predstavnici svih članova ravnopravno učestvuju u radu Skupštine i svaki član Saveza u donošenju odluka ima jedan glas.
Skupština se sastaje najmanje jednom godišnje i odlučuje o najvažnijim pitanjima za rad Saveza kako je navedeno u Članu 19.
Od osnivačke Skupštine koja je održana 29. maja 2002. godine u Mostaru, Savez je imao još deset sjednica Skupštine. Od toga peti su bile izborne (22. marta/ožujka 2007., 16. aprila/travnja 2009., 7. februara/veljače 2013., 5. maja/svibnja 2017. i 29. septembra/rujna 2021.) i pet redovnih (7. decembra/prosinca 2007., 7. maja/svibnja 2010., 6. oktobar/listopad 2011., 9. juna/lipnja i 21. oktobra/listopada (nastavak) 2015. i 26. juna/lipnja 2019.).
Mandat predsjedavajućeg Skupštine i zamjenika predsjedavajućeg Skupštine Saveza traje do izbora novih, nakon održanih lokalnih izbora, a u skladu sa odgovarajućom odredbom Statuta Saveza.
Na XI (Izbornoj) sjednici Skupštine Saveza općina i gradova FBiH koja je održana u Neumu 29.09.2021. godine izabran je predsjedavajući Skupštine Saveza i zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza.
Predsjedavajući Skupštine Saveza:
Suad Huskić, načelnik Općine Tešanj
Zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza:
Smiljan Vidić, gradonačelnik Grada Čapljina
______________________________________________________________________________
Na IX sjednici Skupštine Saveza općina i gradova FBiH (Izbornoj) koja je održana u Čapljini 5.05.2017. godine izabran je predsjedavajući Skupštine Saveza i zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza.
Predsjedavajući Skupštine Saveza:
Faris Hasanbegović, načelnik Općine Sanski Most (5.05.2017. - 29.09.2021.)
Zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza:
Smiljan Vidić, gradonačelnik Grada Čapljina (5.05.2017. - 29.09.2021.)